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La présence industrielle est à Huningue une longue histoire, indissociable de l’essor de la ville.

Elle remonte à la fin du XIXe siècle, avec la soierie, l’horlogerie, les manufactures de tabac. Ce sont pour la plupart des filiales d’enseignes suisses qui prennent ici leurs quartiers pour conquérir le marché allemand, s’affranchissant ainsi des droits de douane très élevés sous le second Reich.

C’est avec la création dans les années 1960 de deux zones, nord et sud, que Huningue acquiert pleinement le statut de ville industrielle, largement ouverte à la chimie, à la transformation des matières plastiques, à la pharmacie, au stockage ou encore à la mécanique de précision.

Une nouvelle impulsion est donnée au début des années 1990 avec le projet de construction du centre de biotechnologie Novartis qui ne deviendra néanmoins vraiment opérationnel qu'en 2005.
 
En raison de profondes mutations et d’un contexte économique incertain, Huningue est aujourd’hui à la croisée des chemins. Car si des entreprises s'installent encore ou se développent, comme Sigvaris ou les Laboratoires Weleda, d'autres aussi ferment. La proximité du Campus Novartis et les perspectives du concept urbain 3Land augurent cependant de nouvelles opportunités pour soutenir et développer l'activité économique.